¿Por qué sale el ISR en negativo en el recibo de nómina?

3 min. de lecturaúltima actualización: 07.21.2026

En un recibo de nómina tradicional existen dos columnas principales:

  • Percepciones: Dinero que recibe el empleado (como sueldo, bonos, horas extra).
  • Deducciones: Dinero que se retiene o descuenta (como ISR, IMSS, préstamos, ahorro).

Sin embargo, hay ocasiones que algunos empleados presentan un monto de ISR con signo negativo. Esto no es un error, sino un proceso automático de ajuste que realiza el sistema para proteger el salario del trabajador.

¿Por qué aparece en negativo? 

Cuando en tu empresa tienes configurada la opción de cálculo de ISR con ajuste, le estás indicando al sistema que, en el último periodo del mes, revise si se descontó impuesto de más o de menos.

Si el sistema detecta que se retuvo una cantidad mayor a la debida, utiliza el mismo concepto de ISR, pero con signo negativo para representar que ese valor pasa a ser una percepción (dinero que se le devuelve al empleado).

💡Tip: Si necesitas conocer si tienes ajuste activo o como quitarlo revisa el siguiente manual (Opción 4 revisar, opción 6 quitar).

¿Por qué no se registra como una percepción?

Cuando un concepto suma dinero a la columna de Percepciones, el sistema lo contabiliza como ingreso, que considera como base gravable para calcular impuesto, pero, al ser una devolución de ISR descontado de más, no es ingreso es una devolución, al registrar como deducción no acumula al total de percepciones y por tanto no afecta al ISR. 

¿Cómo se reporta esto al SAT? 

Es importante saber que el signo negativo es solo visual dentro de Nominax. Al generar el recibo oficial (XML) que se envía al SAT, no se utiliza el concepto de ISR negativo. En su lugar, se reporta correctamente bajo la clave:
  • 001 - Reintegro de ISR retenido en exceso (no enterado)

¿Dónde puedo confirmar que la información? 

Puedes descargar el XML del empleado para verificar cómo aparece registrado. El uso de este concepto está respaldado por la guía de llenado del SAT, que es el documento oficial que explica cómo deben generarse los comprobantes fiscales.

 

📌Notas importantes:

  • No es lo mismo que el subsidio: El ISR negativo no es igual al subsidio al empleo. Actualmente, el subsidio ya no se entrega en efectivo en los recibos; solo se aplica contra el impuesto para reducir el monto a pagar.
  • Rastreo del cálculo: Si tienes dudas sobre cómo se llegó a esa cifra exacta, te recomendamos utilizar la herramienta ¿Cómo rastrear el cálculo de ISR, IMSS e INFONAVIT? para ver el desglose detallado de los montos.

 

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